| 1 | Goncalves Da Graca Nuno Miguel | 1998 | POR Universidade Porto | 00'25''39 | 632 |
| 2 | Escada Bernardo Pastor | 1999 | POR Universidade Nova Lisboa | 00'26''13 | 580 |
| 3 | Lopes Joao Francisco | 1998 | POR Instituto Politecnico De Viana Do Castelo | 00'26''47 | 558 |
| 4 | Fernandes Joao Vitor | 2000 | POR Universidade Porto | 00'26''87 | 534 |
| 5 | Carvalho Alessandro Diogo | 1996 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''06 | 522 |
| 6 | Silva Jorge Jesus | 2000 | POR Ass Acad Univ Minho | 00'27''10 | 520 |
| 7 | Duarte Joao Silverio | 1999 | POR Ass Acad Univ Evora | 00'27''40 | 503 |
| 8 | Capitao Simao Miguel | 1997 | POR Ass Acad Univ Beira Interior | 00'27''42 | 502 |
| | Correia Hugo Filipe | 1999 | POR Universidade Nova Lisboa | 00'27''42 | 502 |
| 10 | Ferreira Joao Miguel | 1997 | POR Ass Acad Univ Aveiro | 00'27''44 | 501 |
| 11 | Silva Paulo Andre | 1996 | POR Ae Instituto Superior Engenharia Porto | 00'27''45 | 500 |
| 12 | Yelistratkin Illya | 1996 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''46 | 500 |
| 13 | Silva Frederico Antunes | 1995 | POR Ae Iscte | 00'27''47 | 499 |
| 14 | Soares Luis Filipe | 1998 | POR Universidade Porto | 00'27''66 | 489 |
| 15 | Barros Tomas Tinoco | 1999 | POR Ass Acad Univ Minho | 00'27''80 | 482 |
| 16 | Neto Pedro Goncalves | 1998 | POR Universidade Porto | 00'27''84 | 480 |
| 17 | Lima David Dias | 2000 | POR Universidade Porto | 00'27''87 | 478 |
| | Patricio Rodrigo Alexandre | 1998 | POR Associacao Academica De Coimbra | 00'27''87 | 478 |
| 19 | Marques Artur Miguel | 1999 | POR Ae Instituto Superior Engenharia Porto | 00'28''12 | 465 |
| 20 | Paula Joao Carlos | 1994 | POR Ass Acad Univ Aveiro | 00'28''46 | 449 |
| 21 | Silva Paulo Filipe | 1998 | POR Universidade Porto | 00'28''58 | 443 |
| 22 | Moreira Fernando Santos | 1994 | POR Ae Instituto Superior Engenharia Porto | 00'28''73 | 436 |
| 23 | Martinho Diogo Loureiro | 1998 | POR Ae Instituto Superior Tecnico | 00'28''83 | 432 |
| 24 | Crespo Diogo Jesus | 1999 | POR Ass Acad Univ Aveiro | 00'28''86 | 431 |
| 25 | Henriques | 1998 | POR Instituto Politecnico Santarem | 00'29''14 | 418 |
| 26 | Fabiao Alexandre Miguel | 1998 | POR Universidade Porto | 00'29''43 | 406 |
| 27 | Carvalho Filipe Albernaz | 2000 | POR Ae Instituto Superior Engenharia Porto | 00'29''46 | 405 |
| 28 | Domingues Tomas Mota | 1999 | POR Universidade Porto | 00'30''16 | 377 |
| 29 | Lemos Jose Pedro | 1999 | POR Instituto Politecnico Porto | 00'30''24 | 374 |
| 30 | Oliveira Tiago Silva | 1994 | POR Universidade Porto | 00'30''54 | 363 |
| 31 | Figueiras Joel Sousa | 1999 | POR Instituto Politecnico Santarem | 00'30''86 | 352 |
| 32 | Correia Ricardo Alexandre | 1997 | POR Ass Acad Univ Aveiro | 00'31''37 | 335 |
| 33 | Goncalves Diogo Cardoso | 1997 | POR Ass Acad Univ Beira Interior | 00'31''47 | 332 |
| 34 | Matos Pedro | 1998 | POR Ass Acad Univ Minho | 00'32''79 | 293 |
| | Nogueira Goncalo Miguel | 1998 | POR Universidade Porto | Squalificato | |
