| 1 | Manuel Tiago Trindade | 2009 | POR Palmela Desporto Eem | 00'40''49 | 156 |
| 2 | Marques Goncalo Filipe | 2008 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | 00'42''36 | 136 |
| 3 | Vilaca Martim Abalada | 2009 | POR Assoc Orientadora Natacao Desportiva Em Azeitao | 00'42''58 | 134 |
| 4 | Caldas Pedro Guedes | 2009 | POR Clube Desportivo Cova Da Piedade | 00'42''86 | 131 |
| 5 | Duarte Rafael Ataide | 2008 | POR Clube Nacional De Natacao | 00'43''22 | 128 |
| 6 | Mimoso Ricardo Ferreira | 2008 | POR Sport Alges E Dafundo | 00'44''64 | 116 |
| 7 | Dinis Martim Filipe | 2008 | POR Palmela Desporto Eem | 00'44''99 | 113 |
| 8 | Pissarra Joao Ricardo | 2008 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | 00'46''07 | 105 |
| 9 | Godinho Hugo Pacheco | 2009 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'46''23 | 104 |
| 10 | Chastukhin Marc | 2008 | POR Clube Naval Setubalense | 00'46''38 | 103 |
| 11 | Tomas Jose Guerra Moura Ramos Tomas Moura | 2008 | POR Clube Natacao Da Amadora | 00'48''44 | 91 |
| 12 | Fonseca Afonso Carvalho | 2009 | POR Municipio De Odivelas | 00'49''78 | 83 |
| 13 | Guedelha Bernardo Afonso | 2009 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'49''86 | 83 |
| 14 | Grilo Rodrigo Da Cruz | 2008 | POR Palmela Desporto Eem | 00'50''48 | 80 |
| 15 | Miranda Francisco Diegues | 2009 | POR Lxtriathlon - Clube De Triatlo De Lisboa | 00'51''20 | 77 |
| 16 | Monteiro Henrique Pinto | 2008 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'51''83 | 74 |
| 17 | Matela Joao Maria | 2008 | POR Clube Natacao Colegio Vasco Da Gama | 00'52''36 | 72 |
| 18 | Francisco Andre Teixeira Francisco Andre | 2008 | POR Clube Natacao Da Amadora | 00'55''32 | 61 |
| 19 | Fernandes Afonso Baltazar | 2008 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | 01'00''16 | 47 |
| | Caroca Pedro Miguel | 2008 | POR Centro Popular De Cultura E Desporto | Squalificato | |
| | Zambujo Diogo Carvalho | 2008 | POR Associacao Ed. Fisica Desp. Torres Vedras | Squalificato | |
| | Roque Francisco Nunes | 2009 | POR Sport Lisboa E Benfica | Squalificato | |
