| 1 | Nunes Diogo Barbosa | 2000 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'54''16 | 571 |  |  | |
50m 26.51 (26.51) 100m 54.16 (27.65) [54.16] |
| 2 | Silva Ricardo David | 1997 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'54''30 | 566 | | | |
50m 26.67 (26.67) 100m 54.30 (27.63) [54.30] |
| 3 | Oliveira Manuel Filipe | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 00'56''22 | 510 | | | |
50m 26.42 (26.42) 100m 56.22 (29.80) [56.22] |
| 4 | Moreira Ricardo Jorge | 2001 | POR Clube De Natacao De Valongo | 00'56''64 | 499 | | | |
50m 27.40 (27.40) 100m 56.64 (29.24) [56.64] |
| 5 | Ribeiro Fernando Miguel | 2000 | POR Ginasio Clube De Vila Real | 00'57''49 | 477 | | | |
50m 27.29 (27.29) 100m 57.49 (30.20) [57.49] |
| 6 | Teixeira Pedro Rui | 2003 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'00''75 | 404 | | | |
50m 29.18 (29.18) 100m 1:00.75 (31.57) [1:00.75] |
| 7 | Borges Joao Silva | 2003 | POR Sport Clube De Mirandela | 01'04''92 | 331 | | | |
50m 30.89 (30.89) 100m 1:04.92 (34.03) [1:04.92] |
| 8 | Santos Guilherme Silva | 2003 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 01'06''00 | 315 | | | |
50m 31.00 (31.00) 100m 1:06.00 (35.00) [1:06.00] |
| 9 | Antunes Pedro Engracia | 2005 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 01'08''12 | 287 | | | |
50m 32.14 (32.14) 100m 1:08.12 (35.98) [1:08.12] |
| 10 | Kendall Tomas Figueiredo | 2002 | POR Clube Municipal Peso Da Regua | 01'13''60 | 227 | | | |
50m 34.64 (34.64) 100m 1:13.60 (38.96) [1:13.60] |
| 11 | Silva Rui Barreira | 2004 | POR Flavitus Natacao Clube | 01'17''33 | 196 | | | |
50m 36.36 (36.36) 100m 1:17.33 (40.97) [1:17.33] |
| 12 | Pina Tiago Alexandre | 2004 | POR Santa Marta Penaguiao | 01'35''46 | 104 | | | |
50m 45.73 (45.73) 100m 1:35.46 (49.73) [1:35.46] |
