| 1 | Dias Ivo Manuel | 2000 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'59''74 | 521 |  |  | |
50m 28.25 (28.25) 100m 59.74 (31.49) [59.74] |
| 2 | Carvalho Luis Miguel | 2000 | POR Ginasio Clube De Vila Real | 01'00''07 | 512 | | | |
50m 27.80 (27.80) 100m 1:00.07 (32.27) [1:00.07] |
| 3 | Paquete Goncalo Manuel | 1999 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'01''25 | 483 | | | |
50m 28.70 (28.70) 100m 1:01.25 (32.55) [1:01.25] |
| 4 | Dias Ruben Fonseca | 2003 | POR Clube De Natacao De Valongo | 01'05''28 | 399 | | | |
50m 30.73 (30.73) 100m 1:05.28 (34.55) [1:05.28] |
| 5 | Martins Marcos Dias | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'05''69 | 392 | | | |
50m 29.69 (29.69) 100m 1:05.69 (36.00) [1:05.69] |
| 6 | Ferreira Goncalo Fernando | 1994 | POR Associacao Desportiva De Penafiel | 01'10''14 | 322 | | | |
50m 31.46 (31.46) 100m 1:10.14 (38.68) [1:10.14] |
| 7 | Geraldo Ricardo Filipe | 2003 | POR Sport Clube De Mirandela | 01'26''34 | 172 | | | |
50m 39.48 (39.48) 100m 1:26.34 (46.86) [1:26.34] |
| 8 | Goncalves Hugo Fonseca | 2003 | POR Clube Municipal Peso Da Regua | 01'39''78 | 111 | | | |
50m 46.44 (46.44) 100m 1:39.78 (53.34) [1:39.78] |
| | Branco Joao Pedro | 2001 | POR Clube Aquatico Pacense | Squalificato | |
| | Santos Eduardo Manuel | 2003 | POR Flavitus Natacao Clube | Squalificato | |
