| 1 | Romero Barrios Javier | 1997 | ESP Real Canoe Natacion Club | 00'26''38 | 756 |
| 2 | Segura Gutierrez Juan Francisco | 1994 | ESP CD Sek Castillo | 00'26''67 | 732 |
| 3 | Martin Lozoya Jorge | 1994 | ESP CD Sek Castillo | 00'27''17 | 692 |
| 4 | Egido Garcia Carlos | 1999 | ESP Real Canoe Natacion Club | 00'27''20 | 690 |
| 5 | Santos Francisco Rogerio | 1998 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'27''50 | 668 |
| 6 | Laranjeira Joao Jose | 1998 | POR Clube Galitos De Aveiro | 00'27''85 | 643 |
| 7 | Leiria David Miguel | 1993 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'28''48 | 601 |
| 8 | Pires Ricardo Saraiva | 1998 | POR Clube De Instrucao E Recreio Do Laranjeiro | 00'28''68 | 588 |
| 9 | Fernandes Joao Diogo | 1998 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'28''70 | 587 |
| 10 | Gourley Lorcan | 2001 | IRL Larne Swimming Club | 00'28''75 | 584 |
| 11 | Marques Miguel Henriques | 2000 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'28''76 | 584 |
| 12 | Rocha Ricardo Filipe | 2002 | POR Portugal | 00'28''78 | 582 |
| 13 | Coxixo Tomas Da Silva | 1999 | POR Ccd Estrelas S. Joao De Brito | 00'28''81 | 580 |
| 14 | Aires Rafael Alcantara | 2001 | POR Sport Lisboa E Benfica | 00'28''86 | 577 |
| 15 | Perez Hernandez Gabriel | 1999 | ESP Real Canoe Natacion Club | 00'28''94 | 573 |
| | Pinho Manuel Antonio | 2001 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'28''94 | 573 |
| 17 | Santana Joao Miguel | 2000 | POR Sociedade Instrucao E Recreio Os Pimpoes/Cimai | 00'29''03 | 567 |
| 18 | Felix Filipe Miguel | 1996 | POR Sport Alges E Dafundo | 00'29''15 | 560 |
| 19 | Sergio Miguel Bras | 1995 | POR Associacao Bombeiros Voluntarios Estoris | 00'29''30 | 552 |
| 20 | Poliakov Artiom Viatcheslavovitch | 1993 | POR Clube Oriental De Lisboa | 00'29''31 | 551 |
| 21 | Pereira Miguel Gomes | 1995 | POR Clube Naval Setubalense | 00'29''34 | 550 |
| 22 | Valente Diogo Nuno | 2002 | POR Sporting Clube De Portugal | 00'29''35 | 549 |
| 23 | Freire Carlos Marques | 2001 | POR Clube De Futebol Os Belenenses | 00'29''45 | 543 |
| 24 | Gomes Henrique Santos | 2000 | POR Clube Naval Do Funchal | 00'29''48 | 542 |
| 25 | Silva Joao Pedro | 2000 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'29''59 | 536 |
| 26 | Rego Guilherme Raposo | 1999 | POR Portinado-Assoc Natacao De Portimao | 00'29''68 | 531 |
| 27 | Dias Joao Pedro | 2002 | POR Fundacao Beatriz Santos-Clube | 00'29''73 | 528 |
| 28 | Zinca Andrei Iulian | 2000 | POR Assoc Pais Amigos Criancas Gafanha Da Encarnacao | 00'29''75 | 527 |
| | Fonseca Luis Filipe | 1997 | POR Clube Futebol De Estremoz | 00'29''75 | 527 |
| 30 | Arzileiro Bernardo Vinagre | 2001 | POR Clube Uniao 1919 | 00'29''86 | 521 |
| 31 | Santos Edgar Filpe | 2001 | POR Sociedade Filarmonica Uniao Artistica Piedense | 00'29''91 | 519 |
| 32 | Castanha Nuno Miguel | 2001 | POR Clube Naval Do Funchal | 00'30''21 | 503 |
| | Ramos Lebre Diogo | 2001 | POR Sporting Clube De Aveiro | 00'30''21 | 503 |
| 34 | Martinho Pedro Alves | 2002 | POR Associacao Bombeiros Voluntarios Estoris | 00'30''34 | 497 |
| 35 | Leal Ricardo Luis | 2001 | POR Clube Lazer Aventura E Competicao | 00'30''57 | 486 |
| 36 | Silva Gustavo Carvalho | 2004 | POR Academia Desportiva Dos Acores | 00'30''79 | 475 |
| 37 | Filipe Daniel Alexandre | 2000 | POR Clube Nacional De Natacao | 00'31''13 | 460 |
| 38 | Nascimento Diogo Andre | 2002 | POR Clube Naval Do Funchal | 00'34''49 | 338 |
| 39 | Rendeiro Miguel Vargas | 2003 | POR Academia Desportiva Dos Acores | 00'35''21 | 318 |
