| 1 | Campos Varela Sergio | 1996 | ESP Centro Gallego Tecnificacion Deportiva | 00'54''00 | 655 |
| 2 | Liess Thomas | 1995 | SUI Turrita Nuoto | 00'54''19 | 648 |
| 3 | Nunes Porfirio Braga | 2000 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'54''40 | 641 |
| 4 | Fernandes Pedro Miguel | 1999 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'54''48 | 638 |
| | Soares Tiago Silva | 1999 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'54''48 | 638 |
| 6 | Fernandes Jose Pedro | 1999 | POR Sporting Clube De Braga | 00'54''51 | 637 |
| 7 | Morim Ruben Jose | 1997 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'54''90 | 623 |
| 8 | Azevedo Tiago Ferreira | 1995 | POR Sporting Clube De Braga | 00'54''97 | 621 |
| 9 | Vaz Luis Emanuel | 1991 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'54''99 | 620 |
| 10 | Faria Rui Pedro | 1994 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'55''08 | 617 |
| 11 | Paquete Goncalo Manuel | 1999 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'55''11 | 616 |
| 12 | Graca Bernardo Leitao | 1993 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'55''49 | 604 |
| 13 | Santos Dario Almeida | 1993 | POR Leixoes Sport Club | 00'55''62 | 599 |
| 14 | Nunes Diogo Barbosa | 2000 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'55''69 | 597 |
| | Freitas Jose Pedro | 2000 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'55''69 | 597 |
| 16 | Weustink Koen | 2000 | POR Ginasio Clube De Vila Real | 00'55''72 | 596 |
| 17 | Rocha Ricardo Filipe | 2002 | POR Clube Aquatico Pacense | 00'55''91 | 590 |
| | Oliveira Luis Carlos | 1997 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'55''91 | 590 |
| 19 | Gomes Filipe Miguel Escudeiro | 1997 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 00'55''98 | 588 |
| 20 | Xhanino Dario Andre' | 2000 | SUI Federazione Ticinese Nuoto | 00'56''11 | 584 |
| 21 | Silva Paulo Filipe | 1998 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'56''34 | 577 |
| 22 | Machado Ricardo Manuel | 1993 | POR Sporting Clube De Braga | 00'56''44 | 574 |
| 23 | Riva Elia | 2001 | SUI Federazione Ticinese Nuoto | 00'56''58 | 569 |
| 24 | Silva Ricardo David | 1997 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'56''61 | 569 |
| 25 | Costa Francisco Vilhena | 2000 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'56''84 | 562 |
| 26 | Rodrigues Tiago Moura | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 00'56''92 | 559 |
| 27 | Novais Tiago Miguel | 2000 | POR Escola Desportiva De Viana | 00'56''93 | 559 |
| 28 | Travanca Sergio Filipe | 2000 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'56''95 | 558 |
| 29 | Cassoni Nathan | 2001 | SUI Turrita Nuoto | 00'57''02 | 556 |
| 30 | Tinoco Joao Pereira | 2000 | POR Grupo Desportivo De Natacao De Vila Nova De Famalicao | 00'57''06 | 555 |
| 31 | Capitao Simao Miguel | 1997 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 00'57''08 | 555 |
| 32 | Carvalho Luis Miguel | 2000 | POR Ginasio Clube De Vila Real | 00'57''11 | 554 |
| 33 | Carola Hugo Filipe | 2001 | POR Assoc Pais Amigos Criancas Gafanha Da Encarnacao | 00'57''26 | 549 |
| 34 | Santos Nuno Goncalo | 1996 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 00'57''27 | 549 |
| 35 | Oliveira Rui Goncalves | 1993 | POR Clube De Natacao Da Maia | 00'57''35 | 547 |
| 36 | Barros Tomas Tinoco | 1999 | POR Ginasio Clube De Vila Real | 00'57''45 | 544 |
| 37 | Ferreira Bernardo Felgueiras | 2003 | POR Colegio Luso-Internacional Do Porto | 00'57''52 | 542 |
| 38 | Domingues Bruno Pinto | 2000 | POR Associacao Desportiva Bairro Dos Anjos /Bomcar | 00'57''66 | 538 |
| 39 | Picao Joao Afonso | 1997 | POR Leixoes Sport Club | 00'57''68 | 537 |
| 40 | Afonso Ricardo Eduardo | 1997 | POR Sporting Clube De Braga | 00'57''76 | 535 |
| 41 | Carvalho Fernando Costa | 2003 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'57''91 | 531 |
| 42 | Lopes Tomas Teixeira | 2002 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'58''09 | 526 |
| 43 | Lourenco Tiago Campos | 2002 | POR Clube De Natacao De Valongo | 00'58''12 | 525 |
| 44 | Garcia Soto Marcos | 1988 | ESP Centro Gallego Tecnificacion Deportiva | 00'58''17 | 524 |
| 45 | Zinca Andrei Iulian | 2000 | POR Assoc Pais Amigos Criancas Gafanha Da Encarnacao | 00'58''28 | 521 |
| 46 | Bastos Diogo Moreno | 2000 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'58''32 | 520 |
| 47 | Oliveira Joao Andre | 2002 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'58''37 | 519 |
| 48 | Tocchetti Ajnur Elvezio | 2002 | SUI Federazione Ticinese Nuoto | 00'58''41 | 518 |
| 49 | Oliveira Manuel Filipe | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 00'58''48 | 516 |
| 50 | Branco Andre Castro | 2000 | POR Escola Desportiva De Viana | 00'58''49 | 515 |
| | Sousa Joao Ribeiro | 2001 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'58''49 | 515 |
| 52 | Pereira Simao Santos | 2001 | POR Escola Desportiva De Viana | 00'58''60 | 512 |
| 53 | Duarte Daniel Jose | 2000 | POR Clube Fluvial Portuense | 00'58''69 | 510 |
| 54 | Freire Tiago Mendonca | 2001 | POR Leixoes Sport Club | 00'58''71 | 510 |
| 55 | Mauri Shadi | 2000 | SUI Federazione Ticinese Nuoto | 00'58''73 | 509 |
| 56 | Ranuzzini Carlo | 1999 | SUI Federazione Ticinese Nuoto | 00'58''88 | 505 |
| 57 | Santos Andre Miguel | 2000 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'58''93 | 504 |
| 58 | Aguiar Gabriel Silva | 2001 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'59''04 | 501 |
| 59 | Pereira Joao Peixoto | 2001 | POR Sporting Clube De Braga | 00'59''08 | 500 |
| 60 | Morim Pedro Soares | 2002 | POR Clube Naval Povoense | 00'59''10 | 500 |
| 61 | Sanles Manuel Tomes | 1999 | ESP Centro Gallego Tecnificacion Deportiva | 00'59''14 | 499 |
| 62 | Martins Rui Pires | 2001 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 00'59''17 | 498 |
| 63 | Giacomelli Alex | 2001 | SUI Federazione Ticinese Nuoto | 00'59''30 | 495 |
| 64 | Mendes Ricardo Ferreira | 2003 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 00'59''41 | 492 |
| 65 | Correia Andre Filipe | 1997 | POR Clube Desportivo Feirense | 00'59''49 | 490 |
| 66 | Ribeiro Fernando Miguel | 2000 | POR Ginasio Clube De Vila Real | 00'59''55 | 488 |
| 67 | Marques Carlos Manuel | 2000 | POR Assoc Natacao Albicastrense Os Redentoristas | 00'59''58 | 488 |
| 68 | Fernandes Romeu Ribeiro | 2001 | POR Associacao Desportiva De Fafe | 00'59''59 | 487 |
| 69 | Marques Joao Miguel | 2002 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 00'59''60 | 487 |
| 70 | Azevedo Andre Botelho | 2002 | POR Clube Naval Praia Da Vitoria | 00'59''78 | 483 |
| 71 | Santos Joao Manuel | 1999 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 00'59''86 | 481 |
| | Barroso Bruno Carvalho | 2001 | POR Leixoes Sport Club | 00'59''86 | 481 |
| 73 | Dos Santos Andre Cardoso | 2003 | POR Academico Viseu Futebol Clube | 00'59''90 | 480 |
| 74 | Ribeiro Luis Manuel | 2002 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'59''94 | 479 |
| 75 | Castro Duarte Monteiro | 2003 | POR Futebol Clube Do Porto | 00'59''96 | 478 |
| 76 | Fernandes Joao Bernardo | 2003 | POR Clube Naval Povoense | 01'00''01 | 477 |
| 77 | Silva Bernardo Costa | 2002 | POR Sporting Clube De Braga | 01'00''28 | 471 |
| 78 | Martins Samuel Dias | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'00''33 | 470 |
| 79 | Oliveira Goncalo Santos | 2000 | POR Viana Natacao Clube | 01'00''36 | 469 |
| 80 | Paiva Ruben Silva | 2000 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'00''42 | 468 |
| 81 | Cardoso Diogo Gomes | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'00''55 | 465 |
| 82 | Dias Ivo Manuel | 2000 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 01'00''70 | 461 |
| 83 | Castro Helder Ribeiro | 2003 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'00''79 | 459 |
| 84 | Hendrickx Dieter | 2001 | SUI Federazione Ticinese Nuoto | 01'00''91 | 456 |
| 85 | Neto Rodrigo Jorge | 2003 | POR Clube Aquatico Pacense | 01'00''93 | 456 |
| 86 | Carvalho Tiago Fonseca | 2003 | POR Clube Naval Povoense | 01'00''96 | 455 |
| 87 | Ribeiro Joao Pedro | 2002 | POR Clube Fluvial Vilacondense | 01'01''12 | 452 |
| 88 | Salcedas Rodrigo Matos | 2000 | POR Ginasio Clube De Vila Real | 01'01''23 | 449 |
| 89 | Pedrosa Miguel Jose | 2003 | POR Futebol Clube Do Porto | 01'01''41 | 445 |
| 90 | Cruz Diogo Azevedo | 2002 | POR Sporting Clube De Braga | 01'01''46 | 444 |
| 91 | Sousa Lourenco Monteiro | 2002 | POR Leixoes Sport Club | 01'01''55 | 442 |
| 92 | Pinho Gabriel Alexandre | 2003 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'01''70 | 439 |
| | Martins Marcos Dias | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'01''70 | 439 |
| 94 | Pereira Luis Goncalves | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'01''82 | 436 |
| 95 | Oliveira Afonso Torre | 2001 | POR Viana Natacao Clube | 01'01''83 | 436 |
| 96 | Cunha Joao Simons | 2002 | POR Clube Fluvial Portuense | 01'01''98 | 433 |
| | Santos Rui Almeida | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'01''98 | 433 |
| 98 | Martins Diogo Manuel | 2002 | POR Futebol Clube Do Porto | 01'02''24 | 428 |
| 99 | Cunha Rodrigo Manuel | 2004 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'02''28 | 427 |
| 100 | Tavares Bernardo Lopes | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'02''29 | 427 |
| 101 | Gomes Rodrigo Guedes | 2002 | POR Clube Desportivo Feirense | 01'02''68 | 419 |
| 102 | Almeida Nuno Rocha | 2002 | POR Colegio Liceal De Santa Maria De Lamas | 01'02''88 | 415 |
| 103 | Goncalves Miguel Silva | 2002 | POR Ginasio Clube De Santo Tirso | 01'03''05 | 411 |
| 104 | Coelho Joao Reis | 2003 | POR Assoc Educacao Fisica E Desp De Tondela | 01'03''27 | 407 |
| 105 | Madureira Rui Pedro | 2004 | POR Vitoria Sport Clube/Olicargo | 01'03''35 | 406 |
| 106 | Vasconcelos Bernardo Nunes | 2003 | POR Foca-Clube Natacao De Felgueiras | 01'05''17 | 372 |
